NPO法では、NPO法人の所轄庁が定められています（NPO法9条）。NPO法人の所轄庁とは、NPO法人の認証権や監督権を有する行政機関のことです。

NPO法人の認証とは、NPO法人が行う一定の手続きにつき、その行為や文書がNPO法の要件を満たしたものであるか否かを確認することを言います。NPO法人を設立したり、一定事項の定款変更をしたりする場合、所轄庁の認証を受けなければその効力は生じません。そのため、これらの場合は、所轄庁に必要書類を提出して認証を受けることになります。NPO法人の登記手続きを行う際も、その登記事由において、認証を受けなければ効力が生じない場合、所轄庁から交付される認証書の提出が求められます。

所轄庁がNPO法人に対する有する監督権には、「報告徴収・立入検査」、「改善命令」、「設立認証の取消し」があります（NPO法41条、42条、43条）。NPO法人は、自主的な法人運営が尊重される一方、情報公開を通じた市民の選択や監視を前提とした制度となっています。しかし、それだけでは解決できない問題が生じる可能性もあるため、その是正手段として、上記のような所轄庁の監督権が設けられているのです。

NPO法人の所轄庁は、その主たる事務所が所在する都道府県知事となるのが原則です。しかし、その事務所が一の指定都市の区域内のみに所在する場合、その指定都市の長が所轄庁になります（NPO法9条）。

たとえば、指定都市である埼玉県さいたま市に主たる事務所を置いたNPO法人があるとします。このNPO法人がさいたま市に従たる事務所を置いている場合、または従たる事務所を置いていない場合、「その事務所が一の指定都市の区域内にのみ所在する場合」に該当し、さいたま市長が所轄庁になります。

これに対して、さいたま市以外に従たる事務所を置いている場合は、一の指定都市の区域外にも事務所が所在しているため、所轄庁は埼玉県知事になります。 

【事務所所在地と所轄庁の関係】